Utrata statusu stolicy

Pod koniec XVI wieku nastąpił jednak gwałtow­ny schyłek świetności miasta. Dynastia jagiellońska wygasła. W roku 1611 król Zygmunt III Waza przeniósł stolicę kraju z Krakowa do Warszawy -była to konsekwencja unii realnej Polski z Litwą (1569). Dla miasta stanowiło to dodatkowy cios. Najgorsze w historii chwile przeżył Kraków w la­tach 1655-57, gdy był okupowany i plądrowany przez wojska szwedzkie. W latach 1772-95 miały miejsce rozbiory Polski. Terytorium Rzeczypospolitej zostało sukcesywnie zagrabione przez kraje ościenne - Prusy, Rosję i Austrię. Kraków leżał już w zaborze austriackim. W roku 1809 Kraków znalazł się w granicach Księstwa Warszawskiego, państewka utworzonego przez Napoleona w części zaborów pruskiego i austriackiego. Na kongresie wiedeńskim (1814-15), który zakończył epokę wojen napoleońskich i definitywnie przekreślił nadzieje Polaków na odzyskanie niepodległości dzięki sojuszowi z Fran­cją, zdecydowano o utworzeniu Wolnego Miasta Krakowa pod zarządem mocarstw rozbiorowych. Przez kolejne 30 lat Kraków cieszył się pewną autonomią jako miasto-państwo. Dzięki tej czę­ściowej samodzielności Kraków stał się centrum aspiracji niepodległościowych Polaków. W roku 1846 w Krakowie wybuchło powstanie, które miało być częścią zrywu ogólnonarodowego. Jednakże wojska zaborcze, które wkroczyły do miasta stłu­miły rewolucję krakowską. Wolne Miasto Kraków zostało wcielone do Austrii jako stolica Galicji. W roku 1866 cesarz austriacki nadał miastu no­wy statut, na podstawie którego wprowadzono wybory do Rady Miejskiej, a cała Galicja zyskała w ramach imperium austriackiego pewną auto­nomię. W prowincji nastąpiło odrodzenie ruchu narodowego. Działały organizacje konspiracyjne. Miasto wydało wielu artystów: tu urodził się Jan Matejko (1838-93), przyszły dyrektor tutejszej Akademii Sztuk Pięknych, doktor honoris causa Uniwersytetu Jagiellońskiego. To Kraków stanowił centrum ruchu artystycznego Młodej Polski, któ­rego czołowymi postaciami byli Stanisław Wys­piański, Stanisław Przybyszewski i Jan Kaspro­wicz. Na początku XX wieku działały w Krakowie stronnictwa niepodległościowe: Związek Walki Czynnej i Strzelec, stanowiące zalążek Legionów Polskich walczących o niepodległość Polski w okresie I wojny światowej.